年末調整の控除証明書紛失、保険会社とねんきんネットで再発行

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目次

控除証明書のハガキを紛失した場合、生命保険料や地震保険料の証明書は契約している保険会社のマイページから、国民年金保険料の証明書はねんきんネットから、それぞれ電子データを即日から数日で再取得できます。会社への提出に紙が必要な場合も、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」を使えば、電子データを印刷可能なPDFに変換して原本として提出できます。

「10月に届いていたはずの生命保険の控除証明書のハガキが、どこを探しても見当たらない」

「国民年金やiDeCoの証明書もいつの間にか無くしてしまった、今から再発行して年末調整に間に合うのだろうか」

11月に入り、会社から年末調整の書類が配られたタイミングで、部屋中を引っかき回しても控除証明書のハガキが出てこない、という状況に陥る人は毎年一定数います。原因は引っ越しのタイミングでの紛失、郵便物の埋没、家族が別の書類とまとめて処分してしまった、などさまざまですが、幸い今は大半の保険会社と日本年金機構がオンラインでの再発行に対応しているため、紙のハガキが再び届くのを何日も待つ必要はありません。

この記事では、生命保険料控除証明書と地震保険料控除証明書を保険会社のマイページから再取得する手順、国税庁のQRコード付証明書等作成システムでPDFに変換して紙提出する方法、国民年金保険料控除証明書をねんきんネットやマイナポータルから取り寄せる手順、そしてiDeCoや小規模企業共済の証明書を紛失した場合の対処法まで、公式情報にもとづいて整理しました。


1. 生命保険料控除証明書とは何か、なぜ提出が必要なのか

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生命保険料控除証明書は、その年に支払った保険料の金額を保険会社が証明する書類で、年末調整でこの控除を受けるために保険料控除申告書に添付する必要があります。

【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1140 生命保険料控除」では、次のように案内されています。
『納税者が生命保険料、介護医療保険料および個人年金保険料を支払った場合には、一定の金額の所得控除を受けることができます。これを生命保険料控除といいます』
出典:国税庁「No.1140 生命保険料控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1140.htm

控除できる金額には上限があり、新契約(平成24年1月1日以後に締結した契約)の場合、一般生命保険料・介護医療保険料・個人年金保険料の各控除額を合計した金額が12万円を超えるときは、控除額は12万円が上限になります。この控除を受けるために必要なのが、保険会社が発行する控除証明書です。ハガキであれ電子データであれ、この証明書に記載された金額を保険料控除申告書に転記し、証明書そのものを添付または保存することで、控除の裏付けとして扱われます。

なお地震保険料控除証明書も、生命保険料控除証明書と同じく損害保険会社が発行する書類で、支払った地震保険料に応じた所得控除(年間最大5万円)を受けるために必要です。この記事で紹介する再発行の考え方は、生命保険料控除証明書と地震保険料控除証明書のどちらにもそのまま当てはまります。


2. 紛失した証明書の最短再発行ルート、まず何をすべきか

控除証明書を紛失したときの再発行方法は、証明書の種類によって窓口が異なります。次の一覧で、自分がどの窓口に連絡すべきかを確認してください。

紛失した控除証明書再発行の窓口主な取得方法目安の日数
生命保険料控除証明書契約している生命保険会社契約者専用マイページからの電子データ、または再発行依頼マイページ利用なら即日、郵送依頼は数日から1週間
地震保険料控除証明書契約している損害保険会社契約者専用マイページからの電子データ、または再発行依頼マイページ利用なら即日、郵送依頼は数日から1週間
国民年金保険料控除証明書日本年金機構(ねんきんネット)ねんきんネットからの再交付申請電子送付で3から5営業日程度、郵送は申請から1週間程度
小規模企業共済等掛金払込証明書(iDeCo)国民年金基金連合会(加入している金融機関経由)再発行申請書の提出、またはマイナポータル連携郵送で1週間前後
小規模企業共済等掛金払込証明書(小規模企業共済)独立行政法人中小企業基盤整備機構(中小機構)再発行専用フォームまたは自動発送サービス1週間程度、繁忙期はさらに延びる場合あり

保険会社と日本年金機構については、契約者本人がオンラインでログインして手続きすれば、その場で電子データとして証明書の内容を確認できるケースがほとんどです。紙のハガキが再び郵送されてくるのを待つより先に、まずは契約先のマイページやねんきんネットにログインできるかどうかを確認するのが、結果的に一番早い方法になります。

#### 【現場のリアル】引っ越し直後に旧住所へ届いたハガキをそのまま紛失した話

11月に賃貸マンションを引っ越したばかりのある方の話です。生命保険会社への住所変更の手続きをうっかり後回しにしていたため、控除証明書のハガキは旧住所の郵便受けに届いてしまい、そのまま次の入居者に処分されたのか、行方が分からなくなってしまったといいます。年末調整の締め切りが迫る中、旧居の管理会社に転送されていないか問い合わせたものの手がかりはなく、半ばあきらめかけたところで、保険証券に記載されていたマイページのURLを思い出したそうです。契約者番号とパスワードでログインしてみると、住所変更をしていなくても契約者本人の情報として控除証明書のPDFがそのまま表示され、5分もかからずに印刷まで終えられたといいます。本人は「住所が変わっていても、マイページの中身は契約者情報にひもづいているので関係なかった。先に紙を探し回るより先にログインを試すべきだった」と振り返っていました。


3. 保険会社のマイページで電子データを再取得する手順

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契約者専用マイページでの再発行は、多くの保険会社で共通して次のような流れになります。会社ごとに画面のデザインや名称は異なりますが、基本のステップはほぼ共通です。

  1. 保険証券や契約時の案内書類に記載された契約者専用マイページのURLへアクセスする
  2. 契約者番号(証券番号)とパスワードでログインする。ログインできない場合は「パスワードをお忘れの方」からID再発行の手続きを行う
  3. マイページ内の「控除証明書」「税務関係書類」などのメニューから、対象年の控除証明書を選択する
  4. 画面上で内容を確認し、PDFまたは電子データ(XML形式)としてダウンロードする

国税庁は、こうした保険会社等が発行する電子データによる証明書を「電子的控除証明書」と呼び、令和7年10月時点で生命保険会社36社(全41社)がこの電子的交付に対応していることを公表しています。自分の契約している保険会社が対応しているかどうかは、国税庁が公開している一覧ページで確認できます。

【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「保険料に係る電子控除証明書の発行主体一覧」のページでは、生命保険料控除証明書・地震保険料控除証明書を電子データで発行している保険会社等の一覧が公表されています。
出典:国税庁「保険料に係る電子控除証明書の発行主体一覧」 https://www.nta.go.jp/users/gensen/nenmatsu/nencho_06.htm

会社によっては、マイナンバーカードとマイナポータルを連携させることで、契約者自身がログインしなくても、通知を経由して証明書データを受け取れる仕組みも用意されています。マイナポータル連携に対応している発行主体の一覧も、国税庁のサイトで公開されています。

出典:国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」 https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/mynumberinfo/list.htm

#### 【現場のリアル】マイページのパスワードを何年も使っておらず本人確認に手間取った話

生命保険に加入してから一度もマイページにログインしたことがなかったという方の話です。控除証明書のハガキを紛失したと気づき、慌ててスマートフォンで保険会社名を検索してマイページにたどり着いたものの、契約時に設定したはずのパスワードをまったく思い出せなかったといいます。パスワード再発行の手続きに進むと、生年月日や契約時の口座情報など複数の項目を入力する本人確認画面が表示され、通帳を引っ張り出してきて口座番号を確認するところから始める羽目になったそうです。結果的に手続き自体は迷わず終えられたものの、本人確認だけで20分近くかかり、「ログインなんて数分で終わると思っていたのに、忘れていたパスワードのせいで想定外に時間を取られた」と話していました。マイページを長く使っていない場合は、余裕を持って早めに再発行を試しておくと、締め切り直前に慌てずに済みます。


4. ダウンロードした電子データを紙で会社に提出する方法

会社の年末調整システムが電子データ(XMLファイル)にそのまま対応していれば、ダウンロードしたデータをそのままアップロードするだけで済みます。一方、会社が紙の証明書提出を求めている場合は、電子データのままでは提出できず、国税庁の専用システムで印刷可能なPDFに変換する必要があります。

【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「控除証明書等の電子的交付について」のページによれば、保険会社等から電子的控除証明書の交付を受けた場合、確定申告書等作成コーナーやe-Taxソフトのほか、勤務先が対応していれば年末調整の電子的提出にそのまま利用できるとされています。勤務先が電子データでの提出に対応していない場合は、「QRコード付証明書等作成システム」を利用して電子的控除証明書を印刷可能な書面(QRコード付PDFファイル)に変換し、書面で提出することも案内されています。
出典:国税庁「控除証明書等の電子的交付について」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/kakutei/koujyo.htm
【e-Taxの公式見解・1次情報】
国税庁の「QRコード付証明書等作成システムについてよくある質問」では、QRコード付控除証明書等について次のように説明されています。
『保険会社等から交付された電子的控除証明書を利用して「QRコード付証明書等作成システム」により作成したQRコード付の控除証明書等(PDFファイル)を出力した書面』
対象となる証明書は生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書、寄附金の受領証明書の3種類です。
出典:国税庁「QRコード付控除証明書等とは何ですか。」 https://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/qa/qa-cps/01.htm

印刷から提出までの流れは次の3ステップです。

  1. 保険会社のマイページから電子的控除証明書(XMLファイル)をダウンロードする
  2. 国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」(パソコン専用、スマートフォンには対応していません)にXMLファイルを読み込ませ、QRコード付のPDFファイルを作成する
  3. 作成したPDFを自宅のプリンターやコンビニのプリントサービスで印刷し、原本として会社に提出する

このシステムはパソコンでの利用が前提になっており、スマートフォンやタブレットだけでは変換作業が完結しません。会社に紙で提出する必要があるのにパソコンが手元にない場合は、家族のパソコンを借りるか、後述するように会社に「電子データのままメールで提出できないか」を先に相談してみるのも一つの手です。


5. 国民年金保険料控除証明書をねんきんネットで取り寄せる手順

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国民年金保険料の控除証明書を紛失した場合は、ねんきんネットからオンラインで再交付を申請できます。

【日本年金機構の公式見解・1次情報】
日本年金機構「控除証明書を紛失してしまったのですが再発行できますか。」のページでは、次のように案内されています。
『「ねんきんネット」のユーザIDをお持ちの方は、「ねんきんネット」から控除証明書の再交付申請ができます』
マイナンバーカードを利用してマイナポータル経由でねんきんネットにアクセスする場合は、紙の証明書に加えて電子データでの受け取りも選べます。
出典:日本年金機構「控除証明書を紛失してしまったのですが再発行できますか。」 https://www.nenkin.go.jp/faq/kokunen/seido/kojoshomei/20150317-01.html

再交付にかかる日数の目安と、受け取り方法の選択肢は次の通りです。

【日本年金機構の公式見解・1次情報】
日本年金機構「すでに電子送付または郵送で受け取った控除証明書や源泉徴収票を別の方法で受け取りたい場合は、どこで手続きをすればいいですか。」のページでは、次のように案内されています。
『「ねんきんネット」で再交付申請を行ってください。具体的には、「ねんきんネット」の「その他の便利機能を利用する」から「通知書の再交付申請」を選択してください』
受け取り方法は、マイナポータルの「お知らせ」へ電子送付される場合は3から5営業日程度、郵送の場合は申請から1週間程度で発送されます。
出典:日本年金機構「すでに電子送付または郵送で受け取った控除証明書や源泉徴収票を別の方法で受け取りたい場合は、どこで手続きをすればいいですか。」 https://www.nenkin.go.jp/section/faq/denshishinsei_kojin/denshisofu_kojin/reissue_data.html

ねんきんネットのユーザIDを持っていない場合は、基礎年金番号やマイナンバーを使ってその場でアカウント登録ができます。すでにマイナンバーカードを持っていれば、マイナポータル経由でログインした方が登録の手間が少なく済みます。電話での再発行を希望する場合は、ねんきん加入者ダイヤルやねんきん自動音声送付受付サービスでも受け付けており、いずれの場合もマイナンバーまたは基礎年金番号の準備が必要です。

一点、注意しておきたいのが、ねんきんネットの画面上で確認できるPDFの扱いです。

【日本年金機構の公式見解・1次情報】
日本年金機構「ねんきんネットで確認できる『社会保険料(国民年金保険料)控除証明書(控)』は、年末調整や確定申告に使えますか。」のページでは、次のように案内されています。
『「ねんきんネット」でダウンロードできる「社会保険料(国民年金保険料)控除証明書(控)」はお客様控えのため、年末調整や確定申告の添付書類としては利用できません』
出典:日本年金機構「ねんきんネットで確認できる『社会保険料(国民年金保険料)控除証明書(控)』は、年末調整や確定申告に使えますか。」 https://www.nenkin.go.jp/section/faq/n_net/tsuchishokakunin/nationalpension/evidence.html

つまり、ねんきんネットの画面でいつでも内容そのものは確認できますが、その場で表示される「お客様控え」のPDFをそのまま印刷して会社に出すことはできません。年末調整や確定申告に使う正式な証明書としては、前述の再交付申請を行い、マイナポータルへの電子送付か郵送で受け取った証明書を使う必要があります。「画面に金額が表示されているから安心」と早合点せず、必ず正式な再交付の手続きを踏むようにしてください。

#### 【現場のリアル】ねんきんネットのアカウントがなく慌ててマイナポータル連携から登録した話

国民年金の控除証明書のハガキを紛失したことに気づいたのが、締め切りの3日前だったという方の話です。ねんきんネットという名前は聞いたことがあっても、実際にアカウントを作ったことは一度もなく、いざ再交付を申請しようとしたところでユーザIDを持っていないことに気づいて青ざめたそうです。基礎年金番号から新規登録する方法も案内されていましたが、番号を控えた年金手帳がどこにあるか分からず、結局手元にあったマイナンバーカードを使ってマイナポータル経由でねんきんネットに連携する方法を選んだといいます。スマートフォンでマイナポータルアプリをインストールし、マイナンバーカードを読み取ってねんきんネットと連携するところまでは15分ほどで完了し、その後の再交付申請自体は数クリックで終わったそうです。「年金手帳を探す手間を考えたら、マイナンバーカードで連携した方が結果的に早かった」と話していました。


6. iDeCo・小規模企業共済の証明書を紛失した場合

iDeCo(個人型確定拠出年金)の掛金は小規模企業共済等掛金控除の対象で、証明書は国民年金基金連合会から発行されます。紛失した場合は、加入している金融機関(証券会社や銀行)を通じて再発行申請書を提出する必要があり、証券会社によっては会員ページから再発行を申し込める場合もあります。

小規模企業共済(個人事業主や中小企業の経営者が加入する共済制度)の掛金控除証明書を紛失した場合は、独立行政法人中小企業基盤整備機構(中小機構)が窓口になります。

【中小機構の公式見解・1次情報】
独立行政法人中小企業基盤整備機構「掛金控除証明書」のページでは、再発行について次のように案内されています。
『「掛金控除証明書」再発行専用フォームからお取り寄せいただけます』
プッシュホン電話による自動発送サービスも利用可能で、電子交付を希望する場合は「e-私書箱」との連携でも受け取れます。
出典:独立行政法人中小企業基盤整備機構「掛金控除証明書」 https://kyosai-web.smrj.go.jp/customer/skyosai/certificate/index_09.html

iDeCo、小規模企業共済のいずれも、生命保険や国民年金に比べると再発行の申請から手元に届くまでの日数がかかりやすく、目安として1週間前後を見ておく必要があります。年末調整の締め切りに間に合いそうにない場合は、次章の対処法を先に会社へ相談しておくと安心です。


7. 会社の提出期限に間に合わない時の対処法

再発行の申請自体は済んでいても、証明書が手元に届くのが会社の提出期限より後になりそうな場合は、次の2つの対処法があります。

一つ目は、総務や人事の担当者に事前に事情を伝えておくことです。「再発行を申請中で、証明書が届き次第すぐに提出します」と一言伝えておくだけで、多くの会社では締め切り後の追加提出(後出し)に応じてもらえます。年末調整の実務上、証明書の到着が遅れる社員は毎年一定数いるため、会社側にとっても珍しい相談ではありません。

二つ目は、年末調整では保険料控除を適用せずにいったん提出し、年明けの確定申告で控除を追加して還付を受ける方法です。会社の年末調整の締め切りに間に合わなかったとしても、税金そのものを取り戻す権利が消えるわけではありません。2月16日以降にe-Taxや税務署の窓口で確定申告をすれば、生命保険料控除や国民年金保険料控除を適用した上で、払いすぎた税金の還付を受けられます。

#### 【現場のリアル】家族名義の保険証明書を自分のものと勘違いしていた話

共働きで、配偶者名義でも生命保険に加入している家庭のある方の話です。年末調整の書類を書く段になって、自宅に届いていた控除証明書のハガキを2枚とも自分の分だと思い込み、まとめて会社に提出しようとしたところ、経理担当者から「これは配偶者様のお名前になっていますが、配偶者様も年末調整で使われますか」と指摘されて初めて、契約者が別人だったことに気づいたそうです。家族名義の保険料控除証明書は、契約者本人の年末調整でしか基本的には使えません。契約者と保険料の負担者が異なる場合に控除を受けられるケースもありますが、判断に迷う場合は自己判断で提出せず、会社の経理担当者か税務署に確認するのが確実です。契約者本人のマイページへログインする際も、契約者本人の契約者番号とパスワードが必要になるため、家族の証明書を代わりに再発行したい場合は、契約者本人に依頼してログインしてもらう必要があります。


8. 来年に向けて、証明書を紛失しないための保管習慣

毎年10月から11月にかけてバラバラと届く控除証明書のハガキを紛失しないためには、届いた時点で専用の保管場所に入れる習慣をつけておくのが一番の予防策です。年末調整専用のクリアファイルや封筒を一つ用意し、届いたハガキを開封したその場で投入するようにするだけで、紛失のリスクはかなり下がります。

保険会社のマイページやねんきんネットのアカウントを事前に作成し、ログイン情報を控えておくのも有効です。紙のハガキを紛失しても、アカウントさえあればいつでも電子データで再取得できるため、心理的な安心感がまったく違います。


9. よくある質問

Q1. 今から再発行を申請して、会社の年末調整に間に合いますか。

保険会社のマイページや国民年金のねんきんネットであれば、ログインできる状態にさえなっていれば当日中に電子データを取得できることが多く、締め切りの数日前であれば十分に間に合う可能性があります。ただし郵送での再発行や、iDeCo・小規模企業共済のように申請書の提出が必要なケースは1週間前後かかることもあるため、気づいた時点ですぐに手続きを始め、間に合わないと分かった場合は早めに会社へ相談するのが安全です。

Q2. WEBでダウンロードしたPDFやデータを、そのまま会社に提出できますか。

会社の年末調整システムが電子データでの提出に対応していれば、そのままアップロードして提出できます。紙での提出を求められている場合は、電子データをそのまま印刷しても正式な証明書としては扱われず、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で変換したQRコード付のPDFを印刷して提出する必要があります。ねんきんネットの画面に表示される「お客様控え」のPDFも、そのままでは年末調整や確定申告の添付書類として使えない点に注意してください。

Q3. 家族(配偶者や親)名義の保険の証明書も、自分で再発行できますか。

保険会社のマイページや国民年金のねんきんネットへのログインには、契約者本人の契約者番号やユーザID、パスワードが必要です。家族名義の証明書を再発行したい場合は、契約者本人にログインして手続きしてもらうか、契約者本人の同意を得た上で必要な情報を教えてもらう必要があります。

Q4. 再発行の手続きに手数料はかかりますか。

保険会社のマイページからの電子データ取得や、ねんきんネットでの再交付申請は、いずれも無料で行えます。郵送での再発行を依頼する場合も、多くの窓口で手数料は発生しません。

Q5. スマートフォンだけで再発行から提出まで完結しますか。

保険会社のマイページへのログインや電子データのダウンロードまではスマートフォンで完結する場合がほとんどです。ただし会社に紙で提出する必要があり、国税庁のQRコード付証明書等作成システムを使ってPDFに変換する場合は、このシステムがパソコン専用のため、途中からパソコンでの作業が必要になります。


まとめ、紛失しても慌てずオンラインで再取得できる

控除証明書のハガキを紛失しても、生命保険料控除証明書と地震保険料控除証明書は契約している保険会社のマイページから、国民年金保険料控除証明書はねんきんネットから、それぞれ電子データとして再取得できます。会社に紙で提出する必要がある場合は、国税庁のQRコード付証明書等作成システムでPDFに変換すれば、正式な証明書として提出可能です。iDeCoや小規模企業共済の証明書は国民年金基金連合会や中小機構への申請が必要で、こちらは届くまでに1週間前後かかることもあるため、気づいた時点ですぐに動くのが得策です。

万一、会社の締め切りに間に合わなくても、事前に一言相談しておけば後出しの提出に応じてもらえることが多く、それも難しければ年明けの確定申告で同じように還付を受けられます。焦って何も手続きをしないまま控除をあきらめてしまうのが一番もったいない選択なので、まずは契約先のマイページにログインできるかどうかから確認してみてください。

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