「今年、株や投資信託を売って利益が出たけれど、年末調整の書類に書かなきゃいけないの？」
「NISA口座や特定口座で取引している場合、会社に株の取引がバレる心配はある？」
新NISAのスタートやオルカン・S&P500への積立投資が定着し、今ではほとんどの会社員が何らかの形で株式投資を行っています。年末調整の時期になると、「株で儲かった利益を会社の書類に書くべきなのか」「株の利益のせいで配偶者控除から外れてしまわないか」といった不安を感じる方は少なくありません。
先に方向性だけ言うと、新NISA口座や特定口座（源泉徴収あり）で取引している場合、年末調整の書類には何も書く必要がなく、確定申告も原則不要です。証券会社が利益や配当金から税金を自動的に天引きして国と自治体へ納めてくれているため、税金の手続きが口座の中だけで完結しているからです。
ただし、複数の証券口座で損益通算したい場合や、配当控除を使って税金を取り戻したい場合にあえて確定申告をすると、配偶者控除が消えたり国民健康保険料が上がったりする落とし穴も存在します。この記事では、口座区分ごとの税務ルールから、あえて確定申告した方が得するケース、確定申告時の所得判定トラップまで、国税庁の公式情報に基づいて整理します。
【現場のリアル】NISA口座と特定口座を混同して焦った話
証券口座を2つ以上持っている会社員の方から聞いた話です。年末調整の時期に「所得の見積額」欄を書きながら、その年に売却した投資信託の利益をどう書けばいいのか分からなくなり、証券会社のアプリを開いて取引履歴を確認したそうです。ところが、同じ銘柄を積立していたつもりが、実はつみたて投資枠（NISA）と特定口座の両方で買い付けていたことにその場で初めて気づき、「どっちの口座の利益を書けばいいんだ」としばらく画面とにらめっこしていたといいます。結局、両方とも会社への申告は不要な口座だったため書類には何も書かずに済んだのですが、本人いわく「自分がどの口座で何を買っているのか、こんなに把握できていなかったのかと逆に不安になった」とのことでした。複数口座を併用している人ほど、年に一度この手の混乱に陥りやすいというのが実感だそうです。
1. ひと目でわかる、株式口座の区分別「年末調整・確定申告」対応表
証券会社（SBI証券、楽天証券、マネックス証券等）で使っている口座の種類によって、手続きは完全に分かれています。
| 口座の区分 | 税金の天引き（源泉徴収） | 会社の年末調整 | 自分で確定申告 |
|---|---|---|---|
| ① 新NISA口座（つみたて投資枠・成長投資枠） | 完全非課税（税金0円） | 一切不要（空欄） | 一切不要 |
| ② 特定口座（源泉徴収あり）（大部分の会社員が該当） | 証券会社が自動天引き（20.315%） | 一切不要（空欄） | 原則不要（申告不要制度） |
| ③ 特定口座（源泉徴収なし） | 天引きなし | 一切不要（空欄） | 利益が20万円超なら必須 |
| ④ 一般口座（未上場株・海外株の一部等） | 天引きなし | 一切不要（空欄） | 利益が20万円超なら必須 |
【会社員の大半は手続きゼロで済む】
新NISA口座、または「特定口座（源泉徴収あり）」だけを使っている会社員なら、
株で利益が出ていても、会社の年末調整でも確定申告でも「何もしなくてよい」というのが原則です。
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1476 特定口座制度」では、証券会社に開設した源泉徴収ありの特定口座（源泉徴収口座）内の上場株式等の譲渡による所得について、「源泉徴収口座内の上場株式等の譲渡による所得を申告不要とすることができます」と説明されています。源泉徴収税率は所得税及び復興特別所得税が15.315%、住民税が5%で、合計20.315%が証券会社によって自動的に天引き・納税されます（根拠条文：措置法37の11の3～37の11の6、措置法通達37の11の4-1、復興財確法28）。
出典：国税庁「No.1476 特定口座制度」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1476.htm
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1535 NISA制度」では、NISA口座内で生じた配当等や、NISA口座内の上場株式等を売却したことにより生じた譲渡益について「非課税となります」と明記されています。一方で、NISA口座内で生じた損失は税務上「ないものとみなされます」とされており、他の口座の利益と相殺（損益通算）することはできません。
出典：国税庁「No.1535 NISA制度」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1535.htm
2. 会社の年末調整における絶対ルール
会社の年末調整用紙（扶養控除等申告書や基礎控除申告書）の「所得の見積額」欄には、NISA口座や特定口座（源泉徴収あり）の株式利益・配当金を書き入れる必要はありません。本業の給料の見込み額だけを記入して会社へ提出すれば足ります。
これは前述のとおり、源泉徴収口座内の所得は国税庁の制度上「申告不要」を選択できるためで、会社側の書類にも反映させる義務がないからです。逆に言えば、③特定口座（源泉徴収なし）や④一般口座で利益が20万円を超えている場合は、年末調整とは別に、年明けに自分で確定申告をする必要があります（この20万円基準は所得税法上の給与所得者に対する確定申告不要の特例によるもので、住民税については別途申告が必要になる点にも注意が必要です）。
【現場のリアル】経理担当者が「株の利益は書かなくていい」と説明に追われた話
ある会社の経理担当者から聞いた話です。年末調整の書類を配布した直後、複数の社員から「今年株で結構利益が出たんですが、どこに書けばいいですか」という質問が立て続けに来たそうです。担当者が「特定口座で源泉徴収ありにしていれば、書かなくて大丈夫ですよ」と答えると、多くの社員が「え、本当に何も書かなくていいんですか、逆に不安なんですけど」と念を押してきたといいます。中には「書かないと脱税になるんじゃないか」と心配して、わざわざ証券会社の年間取引報告書を印刷して総務まで持ってきた社員もいたそうです。担当者としては「源泉徴収ありの口座は、証券会社がすでに税金を納めてくれているので、会社への申告義務そのものが発生しない」という前提を毎年繰り返し説明する必要があり、この誤解は投資初心者に限らずベテラン社員にも根強いとのことでした。
3. あえて確定申告した方が得する「2大パターン」
特定口座（源泉徴収あり）で取引していても、以下の2つのケースに該当する場合は、あえて年明けに確定申告を行うことで税金を取り戻せることがあります。
【あえて確定申告すべき2大ケース】
| ① 複数の証券口座間の「損益通算」 および「3年間の損失繰越」 | A証券で+50万円の利益、B証券で 30万円の赤字の場合、確定申告で相殺 すると税金の一部が還付される |
|---|---|
| ② 国内株の配当金に対する「配当控除」 | 課税総所得金額が900万円台以下の人が 総合課税を選んで配当控除を使うと、 配当の税金の一部が戻ってくる |
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」では、その年分の上場株式等の譲渡損失の金額を、その年分の上場株式等の配当等に係る利子所得の金額及び配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る）と損益通算できると説明されています。ただし適用を受けるには「確定申告書に、この規定の適用を受けようとする旨を記載すること」が必須で、繰越控除を受ける年についても損失が出た年から連続して確定申告書を提出し続ける必要があります。また、非課税口座（NISA）及び未成年者口座（ジュニアNISA）内で生じた譲渡損失は、この損益通算及び繰越控除の対象外です。
出典：国税庁「No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1474.htm
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1250 配当所得があるとき（配当控除）」では、配当控除の対象となるのは「確定申告において総合課税の適用を受けた配当所得」に限られると説明されています。控除額は、課税総所得金額等が1,000万円以下の部分に対応する配当所得については、剰余金の配当等が10%、証券投資信託の収益分配金が5%です。1,000万円を超える部分についてはこの控除率が半分程度に下がります。
出典：国税庁「No.1250 配当所得があるとき（配当控除）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1250.htm
ここで見落とされがちな重要な注意点があります。損益通算と配当控除は、同時に満額使えるとは限らないという点です。
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1331 上場株式等の配当等に係る申告分離課税制度」では、上場株式等の配当等について確定申告する場合、「その申告する上場株式等の配当等の全額について、総合課税と申告分離課税のいずれかを選択する」ことになると説明されています。つまり、配当控除を使いたいなら総合課税、損益通算を使いたいなら申告分離課税を、その年の配当所得全体についてどちらか一方にまとめて選ぶ必要があり、銘柄ごとに使い分けることはできません。
出典：国税庁「No.1331 上場株式等の配当等に係る申告分離課税制度」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1331.htm
損失の繰越がある年で配当も多い場合は、「損益通算で相殺できる税額」と「配当控除で戻る税額」を両方試算したうえで、どちらの課税方式を選ぶかを決める必要があります。証券会社や税務署の確定申告書作成コーナーでは、両方のパターンを入力して還付額を比較できるので、迷ったら実際に数字を入れて比べるのが確実です。
【現場のリアル】損益通算で還付金が振り込まれて驚いた話
複数の証券会社を使い分けている会社員の方の話です。メインで使っているA証券では順調に利益が出ていた一方、以前試しに始めたB証券の口座では含み損を抱えたまま塩漬けにしていたそうです。年末に知人から「別々の証券口座でも確定申告すれば損益通算できるらしい」と聞き、半信半疑で自分でも確定申告書等作成コーナーに両方の証券会社の年間取引報告書の数字を入力してみたところ、還付される見込み税額が画面に表示され、思わず二度見したといいます。「本当にこんなに戻ってくるのか」と半信半疑のまま提出したところ、後日本当に指定口座へ還付金が振り込まれ、「もっと早く知っておけばよかった」と話していました。ただし本人も振り返って、「もし配当控除も同時に使おうとしていたら、どちらの課税方式を選ぶかで金額が変わっていたはずで、そこは事前にちゃんと計算しておいてよかった」と付け加えていました。
4. 【超危険な落とし穴】株の確定申告をすると「所得制限」に引っかかる罠
ここが最も注意すべき税制のトラップです。
確定申告した株の利益は「合計所得金額」に合算される
特定口座（源泉徴収あり）のまま何もしなければ、株の利益は誰にも知られず、配偶者控除などの判定に使われる「合計所得金額」にも含まれません。しかし、税金を取り戻そうとして確定申告書に株の利益を記載すると、その利益は税務上の合計所得金額に合算されてしまいます。
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1190 配偶者の所得がいくらまでなら配偶者控除が受けられるか」では、合計所得金額の計算にあたり「特定口座の源泉徴収選択口座内の株式等の譲渡による所得で、確定申告をしないことを選択したもの」は合計所得金額から除かれると説明されています。裏を返せば、確定申告をして申告不要制度を使わなかった場合、その株式等の譲渡所得や配当所得は合計所得金額に加算される、という関係になります。
出典：国税庁「No.1190 配偶者の所得がいくらまでなら配偶者控除が受けられるか」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1190.htm
【国税庁の公式見解・1次情報】
国税庁「No.1191 配偶者控除」では、控除対象配偶者となるための要件として、配偶者の年間の合計所得金額が58万円以下（給与収入のみの場合は給与収入123万円以下）であることが挙げられています（令和7年分以降）。また、控除を受ける納税者本人の合計所得金額が900万円以下であれば控除額は38万円、900万円を超えると段階的に縮小し、1,000万円を超えると配偶者控除自体が受けられなくなります。
出典：国税庁「No.1191 配偶者控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1191.htm
【確定申告による思わぬ大損パターン】
1. 妻がパート年収110万円（給与所得45万円程度）で、夫の「配偶者控除」の対象になっていた。
2. 妻が株で+150万円の利益を出した。
3. 妻が配当控除や損益通算のために確定申告書を提出した。
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-> 妻の合計所得が「45万円＋150万円＝195万円」となり、配偶者控除の基準（58万円以下）を
大きく超えるため、夫の配偶者控除が消滅する。
-> 夫の税金が数万円単位で高くなり、世帯全体で見ると大きな持ち出しになりかねない。
配偶者控除やひとり親控除、住宅ローン控除、児童手当等の所得制限を受けている世帯では、株の利益をあえて確定申告せず「申告不要（源泉徴収ありのまま）」にしておく方が、世帯全体の手取りを守れるケースが多いというのが実務上の判断基準です。
【現場のリアル】妻が株の利益を確定申告したら夫の配偶者控除が消えて青ざめた話
パート勤めをしながら投資信託の積立と個別株の売買をしていた妻の方から聞いた話です。その年は含み益が乗っていた株を一部売却し、まとまった利益が出ていました。損益通算で他の口座の損失と相殺できることを知り、「確定申告すれば税金が戻ってくる」という点だけを見て、深く考えずに確定申告書を提出したそうです。ところが翌年、夫の年末調整のタイミングで会社から「配偶者の所得が扶養の範囲を超えているため、配偶者控除の対象から外れます」という説明を受け、夫婦そろって青ざめたといいます。妻いわく「株の利益に税金がかかることは分かっていたけれど、それが夫の控除にまで影響するとは思っていなかった」とのことで、確定申告で戻ってきた還付金よりも、夫の配偶者控除が消えたことによる増税額の方が大きく、世帯全体では損をする結果になってしまいました。この経験から、翌年以降は損益通算をしたい年でも、事前に配偶者控除への影響額を試算してから確定申告するかどうかを決めるようにしているそうです。
5. よくある質問（Q&A）
Q1. 株の配当金をもらっていますが、会社にバレますか。
特定口座（源泉徴収あり）やNISA口座のままで、確定申告をしなければ、証券会社から会社へ取引内容が通知される仕組みはありません。会社に伝わる経路があるとすれば、確定申告をした結果、住民税の徴収方法を「特別徴収（給与天引き）」のままにしてしまい、翌年の住民税額が給料に比べて不自然に増えることに経理担当者が気づく、というルートです。確定申告書の第二表には「給与、公的年金等以外の所得に係る住民税の徴収方法」を選ぶ欄があり、ここで「自分で納付（普通徴収）」を選んでおけば、株の利益分の住民税だけを自分で納めることができ、会社の給与天引き額には反映されません。
Q2. 米国株（アップルやテスラ等）の配当金の「外国税額控除」は年末調整で受けられますか。
年末調整では受けられません。アメリカで現地課税された分の税金を取り戻す外国税額控除は、年明けに税務署へ確定申告を行うことで初めて適用されます。なお、外国税額控除を受けるために確定申告をすると、その配当所得は前述のとおり合計所得金額に合算されるため、配偶者控除等への影響は国内株の配当控除と同じように確認しておく必要があります。
Q3. 確定申告で損益通算をしても、住民税の申告不要は別に選べますか。
選べます。所得税の確定申告書とは別に、お住まいの市区町村へ「市民税・県民税申告書」を提出し、住民税だけ申告不要制度を選択することが可能です。これにより、所得税では損益通算の還付を受けつつ、住民税の計算や国民健康保険料の算定基礎からは株の利益を除外できる場合があります。手続きの詳細は自治体ごとに窓口や様式が異なるため、お住まいの市区町村の税務課へ確認するのが確実です。
6. 【確定申告の判断チャート】特定口座の利益を申告すべきかどうかの見極め基準
### 株式利益の確定申告・要否判断チャート
- Q1：他の証券口座で「赤字（損失）」が出ているか、または前年からの
- 繰越損失があるか？
- ［はい］->【確定申告して損益通算する（税金が還付される可能性）】
- ［いいえ］-> Q2へ進む
- Q2：配偶者控除・ひとり親控除・住宅ローン控除等、所得制限のある控除を
- 受けているか？
- ［はい］->【確定申告しない（申告不要のままにして控除を守る）】
- ［いいえ］-> Q3へ進む
- Q3：課税総所得金額が900万円台以下で、国内株の配当金が多くあるか？
- ［はい］->【確定申告（総合課税）で配当控除を受けると有利】
- ［いいえ］->【確定申告せず申告不要のままにするのが手軽】
7. 【超実践編】証券会社の画面のどこを見れば源泉徴収の有無が分かるか
自分の口座が源泉徴収ありなのかどうか分からない、という相談は実は非常に多いものです。証券会社ごとに呼び方は違いますが、確認する場所はおおむね共通しています。
【源泉徴収の有無を確認する手順】
1. 証券会社のマイページにログインし、「口座管理」または「口座情報」のメニューを開く
2. 「特定口座」の設定状況を表示する画面を探す
（SBI証券：口座管理 > 口座情報、楽天証券：マイメニュー > 口座管理、
マネックス証券：口座管理 > 口座情報）
3. 「源泉徴収あり」「源泉徴収なし」のいずれかが表示されているかを確認する
4. 表示が見当たらない場合は、年に一度発行される「特定口座年間取引報告書」の
表紙付近に「源泉徴収選択口座」という記載があるので、そこで確認できる
源泉徴収区分は、口座開設時に選んだ設定のままになっていることがほとんどですが、証券会社によっては年に一度、区分を変更できる期間が設けられています。区分を変更したい場合は、その年の最初の取引を行う前に手続きを済ませておく必要があるため、思い立ったタイミングではなく年初のうちに確認しておくと安全です。
確定申告書のどこに書くと危険なのか
確定申告書等作成コーナーで株式等の利益を入力する際、最も注意が必要なのは「特定口座年間取引報告書の内容」を入力する画面です。この画面で源泉徴収ありの口座の利益をあえて入力してしまうと、その時点で申告不要制度を使わない選択をしたことになり、合計所得金額に自動的に加算されます。損益通算や配当控除が目的でなく、ただ「取引報告書が届いたから念のため全部入力しておこう」という動機で入力してしまうと、意図せず配偶者控除等を失うことになりかねません。入力を始める前に、「この口座の利益をあえて申告する目的は何か（損益通算なのか配当控除なのか）」を先に決めておき、目的のない口座は入力画面自体をスキップするのが安全な進め方です。
まとめ：NISA・特定口座なら年末調整は原則スルーでよい
新NISAや特定口座（源泉徴収あり）は、年末調整も確定申告も原則不要です。会社の年末調整用紙の所得見積もりには株の利益を含めず、口座間の損益通算や配当控除を使いたい場合だけ、年明けに確定申告を検討します。ただし、確定申告をすると合計所得金額が増え、配偶者控除やひとり親控除、住宅ローン控除等の所得制限に影響することがあるため、申告する前に世帯全体での損得を試算しておくことが欠かせません。
株式投資の税務ルールを正しく理解しておけば、無駄な手続きや所得制限の罠を避けながら資産形成を続けられます。年末調整の書類作成をスマホで手早く終わらせたい方は、無料で使える「書けた年末調整」も選択肢のひとつです。